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哥斯拉掉入三原山之后，日本过了5年平安的日子，但是自卫队为了以防万一，打算以哥斯拉的细胞为成分制造对抗哥斯拉的武器"抗核细菌"(ANB)，以及将之前与哥斯拉对战时被摧毁的超级武器"Super_X"改造成为"Super X2"，此时哥斯拉在三原山里居然又开始活动，使得日本关东地区地震不断，并且使得白神博士将自己女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物死亡，于是白神博士便加入ANB计划，同时他将哥斯拉细胞与女儿细胞跟玫瑰细胞混合的植物结合制造了不死植物碧奥兰蒂，但是在一次的事件当中碧奥兰蒂被释放出来并且在芦之湖巨大化。此时三原山爆炸，哥斯拉再度出现，自卫队无法阻挡哥斯拉 往东京方向移动，后来出动了"Super X2"使哥斯拉改变移动方向，但是在哥斯拉不间断的攻击之下"Super X2也败下阵来，但是没有想到哥斯拉此时却朝着碧奥兰蒂的所在地移动.....

腿有残障的科学家黄三太（江口洋介）率领科学小组（大S、陈柏霖等）发明“孟结海绵”，捕获囚禁了一个十三岁男孩的鬼魂，为了查出该男孩的死因，以便自己死后也能变成类似的鬼，黄三太找来有超常能力的探员叶起东（张震），令其跟踪被放出去的男孩。最终，叶起东发现男孩是被他的亲生母亲杀害。　　其后，叶起东从男孩的双眼间看到一条细丝，它似乎连接着某种神秘的力量。科学小组成员因为害怕男孩伤害他们，再次将他隔绝拘禁，不想因此扰动了细丝的另一端，更为恐怖凶残的力量被释放出，小组人员先后一一离奇死亡，叶起东与女友（林嘉欣）也受到该力量的追踪。

由于环境严重的污染，使得蝌蚪受到突变而成为黑多拉，并且造成极大的破坏，人类几乎束手无策，而哥吉拉也费尽了极大的心思跟他战斗，最后人类与哥斯拉一同战胜了黑多拉。