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《黑客帝国动画版》由9段以《黑客帝国》系列电影世界观为基础生发出的短片组成，各篇的角度与风格各异，制作班底汇聚了日本、美国、韩国三地的动画精英。《机器复兴》讲述了MATRIX的历史。机器人不堪人类恶劣对待，终于反抗并将人类化为能源。《少年故事》讲述一名少年突然收到来自网络的召唤，而大批黑衣人开始对他展开围捕。《虚拟程序》展示了一对男女在虚拟训练程序中的片断。《世界纪录》描写一位短跑运动员在接近突破人类极限时终被系统牢牢控制。《超越极限》叙述因为系统错误，平静的街区中出现了一片超常区域。《侦探故事》描写一位侦探被步步引领着试图摆脱系统的桎梏。《矩阵化》讲述一只机器人被人类捕获并驯化的故事。《终极战役》记录了一艘飞船毁灭的经过。

物語は『The World』という名のオンラインゲームの仮想現実世界内で繰り広げられる。原因不明のトラブルによってゲームの世界からログアウト（退出）出来なくなった司は、正規には存在しないはずの外見を持つ猫型PC（マハ）との関係、そして謎のモンスター?ガーディアンとの関連を疑われ、プレイヤー有志によって構成される自治団「紅衣の騎士団」より『The World』を崩壊させる危険人物として見なされ、追われることとなる。